A ES pode acometer virtualmente todos os órgãos e sistemas do corpo, variando de pessoa para pessoa. É classificada em forma difusa e limitada, sendo que esta última pode ocorrer numa forma sem acometimento da pele (apenas dos órgãos internos), sendo que estudos mais recentes indicam que até 9% dos pacientes podem pertencer a este subtipo. Na forma difusa, o endurecimento da pele estende-se por todo corpo, podendo acometer braços, coxas, tórax e abdome. Na forma limitada, o espessamento da pele fica restrito aos antebraços, pernas e face.
O Fenômeno de Raynaud é o sintoma mais precoce da ES, caracterizando-se por alterações da circulação das mãos e dos pés, onde o paciente nota episódios de palidez e/ou arroxeamento, geralmente causados por frio ou emoção, as vezes acompanhados por sensação de formigamento ou dormência (veja maiores detalhes em texto anexo).O acometimento da pele ocorre em fases, sendo que no início há um edema(inchaço), com a sensação de que mesma está esticada, com eventual desaparecimento das rugas e marcas de expressão (o que pode conferir um aspecto típico à face). Depois, a pele torna-se endurecida, perdem-se os pelos, ficando um aspecto brilhante. Em seguida, ocorre atrofia com amolecimento da pele, que, no entanto, não readquire o aspecto normal.
Como toda doença reumatológica os sintomas musculoesqueléticos têm muita importância, sendo comuns inchaço nas mãos e nos pés, dores nas juntas, fraqueza muscular que pode evoluir com atrofia importante. Algumas vezes, a inflamação muscular é tão intensa que prejudica a locomoção do paciente (quadro denominado de miosite). Podem ocorrer depósitos de cálcio, principalmente sobre as saliências ósseas, sendo esses depósitos chamados de calcinose. Todo esse quadro musculoesquelético pode levar a deformidades que devem ser prevenidas com medidas de reabilitação adequadas.
Os pulmões são frequentemente acometidos na ES, sendo nos dias de hoje a principal causa de mortalidade da doença. Pode ocorrer fibrose pulmonar, que causa um "endurecimento" do órgão, com sintomas como falta de ar e tosse, e pode evoluir com insuficiência respiratória. Outra forma de doença pulmonar é a hipertensão arterial pulmonar, que ocorre principalmente nos pacientes com a forma limitada e "sem pele", evoluindo de forma silenciosa, levando, por vezes, a consequências graves.
Todo o aparelho gastrointestinal pode ser acometido pela ES, sendo que o esôfago, é o que mais causa sintomas. Os sintomas iniciais são dificuldade para engolir alimentos, inicialmente sólidos, que com o evoluir da doença, progridem para dificuldade também para alimentos pastosos e líquidos.
Tipicamente, os pacientes relatam que a comida entala nas porções mais baixas do esôfago, obrigando-os a ingerir água para ajudar a deglutição. Paralelamente, à dificuldade para engolir ocorre um refluxo gastro-esofageano que se caracteriza pela volta do conteúdo do estômago para o esôfago, indo daí para os pulmões causando lesões sérias, que se manifestam inicialmente por tosse quando o paciente se deita.
Também são comuns alterações nos intestinos, particularmente no intestino grosso, com formação de divertículos (saculações), que podem causar alterações na frequência e no tipo das evacuações.
Os rins podem ser acometidos pela crise renal esclerodérmica, onde começa a acontecer uma elevação importante da pressão arterial, que pode levar até a uma perda total da função dos rins se o tratamento não for instituído precocemente.